Uso indebido de medicación durante la Etapa en los primeras semanas de gestación.

Numerosas teorías han intentado explicar la etiopatogenia de este síndrome, desde procesos genéticamente determinados hasta alteraciones adquiridas en el período gestacional, pero ninguna explica la variabilidad de la sintomatología, ni la disparidad de hallazgos anatomopatológicos. El cuadro sólo puede explicarse si se entiende como un síndrome de "mal desarrollo" del rombencéfalo.
La exposición prenatal a misoprostol se ha asociado al síndrome de Möbius y a malformaciones en las extremidades, y la disrupción vascular ha sido propuesta como el mecanismo de acción teratógena. Un estudio de casos y controles, multicéntrico, realizado en Brasil para comparar la frecuencia del uso prenatal de misoprostol en madres de niños con defectos de disrupción vascular y un grupo control en el que se diagnosticaron otros tipos de defectos, obtuvo resultados interesantes. La exposición prenatal se identificó en 34,4% de niños con diagnóstico de disrupción vascular, respecto de sólo 4,3% en el grupo control, porcentajes que resultaron estadísticamente significativos.  Otro estudio realizado en siete centros de ese mismo país incluyeron a 96 pacientes con síndrome de Möbius e igual número de paciente con defectos de cierre del tubo neural; 49% de las madres de niños con síndrome de Möbius usaron misoprostol durante el primer trimestre de embarazo y sólo lo hizo el 3% de las madres de niños con defectos de cierre del tubo neural. Esta droga se empleó inicialmente para tratar las úlceras gastrointestinales, pero se ha utilizado para inducir abortos, con frecuencia realizados sin indicación o supervisión médica, por lo que se han comunicado casos de malformaciones graves después de intentos fallidos de aborto con esta medicación.

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